#!/bin/bash -e

function info() {
echo Usage: `basename $0` '[-n (snp)] in.vcf'
exit 65
}

while getopts  ":l:p:nr:" opts
do
        case  $opts  in
        l) bed=$OPTARG;;
        r) ref=$OPTARG;;
		n) snp=t;;
		p) out_prefix=$OPTARG;;
		*) info;;
        esac
done
shift $(($OPTIND - 1))


if [ $# -lt 1 ]; then info; fi

. $var

test -n "$ref" && ref_genome=$ref

if test -z "$snp"; then
echo;echo;echo $java_run8/gatk  SelectVariants indel
$java_run8/gatk3.3 \
-R $ref_genome \
-T SelectVariants \
-V $1 \
-o $out_prefix.indel.vcf \
-selectType INDEL

else

echo;echo;echo gatk SelectVariants snp
$java_run/gatk \
-T SelectVariants \
-R $ref_genome \
-V $1 \
-o $out_prefix.snp.vcf \
-selectType SNP

fi

. $cmd_done